Amennyiben a frissen feltöltött PHP vagy CGI oldal helyett az "Internal Server Error" hibaüzenet érkezik, érdemes megpróbálni újra feltölteni az oldalt, kifejezetten odafigyelve arra, hogy ASCII módban történjen a művelet PHP, PL és CGI kiterjestésű fileok esetén. Nevezett fileok BINARY módban való feltöltése nagyon sok esetben "Premature end of script headers" hibaüzenetet okoz (ehelyett jelenik meg az Internal Server Error), mert a Windows operációs rendszer másként kódolja a sortörést mint kellene.

Az "Internal Server Error" hibaüzenet akkor is érkezhet ha a könyvtár (mappa) jogosultsági beállításai hibásak, a helyes "drwxr-xr-x" az az a tulajdonos olvashatja, írhatja, indíthatja, a csoport olvashatja, indíthatja, minden egyéb olvashatja és indíthatja, tehát a tulajdonoson kívül senki nem írhatja!